טכניקת ה-EMDR בנויה על ההנחה כי בני האדם הם סך כל אירועי חייהם, ועל כך שיש לאנשים מנגנונים מצוינים לעבד את אירועי החיים שלהם באופן רציף וטבעי (למשל תוך כדי שנת חלום).

אולם, לעיתים מתרחשים אירועים, שהם גדולים מכפי היכולת לעבד אותם בזמן אמת, ואלה נשמרים במוחנו בצורה גולמית שאינה מעובדת, במעין קפסולה מבודדת שאין ביכולתה לתקשר עם רשת הזיכרון הכללית.

לכאורה הכל בסדר, אך בכל פעם שיזכיר משהו את אירוע העבר הבלתי מעובד, תעבור אותה קפסולה אל קדמת הבמה ותפעיל את האדם, כאילו עדיין הוא נמצא בעיצומה של הטראומה. מנגנון זה יוצר מצב של תקיעוּת בעבר ותחושה של חסימוּת ומעוכבוּת בהווה.